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教程 | Origin繪制XRD精修曲線

時(shí)間:2020-08-31 來源:編輯之譚 瀏覽:
 
教程

 


 

 

XRD精修的數(shù)據(jù)繪圖,總達(dá)不到精修軟件得到的圖像效果。你是不是也困擾著呢?

通常我們利用XRD精修軟件,得到類似于下圖的效果。

橫軸是我們熟知的XRD的2θ衍射角,縱軸是衍射強(qiáng)度,圖中有紅、黑兩條重合的曲線分別為實(shí)驗(yàn)值(Yobs)、計(jì)算值(Ycalc);藍(lán)色豎線是Blagg峰位置;靠近橫軸的藍(lán)線是偏差(Yobs-Ycalc)。

 

怎樣繪制像下面的文獻(xiàn)圖一樣的效果呢?

https://doi.org/10.1038/s41467-019-11195-9

本文的方法,譚編后續(xù)將設(shè)計(jì)一個(gè)JS小工具,實(shí)現(xiàn)1分鐘內(nèi)搞定數(shù)據(jù)處理與模板繪圖。歡迎在文末留言,看看大家期待的人多不多,多的話,譚編盡快設(shè)計(jì)小工具。

 

1
XRD精修軟件
 

對(duì)XRD實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行精修的軟件為FullProf軟件。長(zhǎng)按下圖的二維碼,可以訪問FullProf官網(wǎng)下載。

下載的官方地址:

https://www.ill.eu/sites/fullprof/php/downloads.html

 

 

2
XRD精修輸出文件導(dǎo)入
 

第一步:精修數(shù)據(jù)文件的預(yù)處理

FullProf軟件精修軟件導(dǎo)出的文件擴(kuò)展名(后綴)為".xyn",在導(dǎo)入到origin之前需要對(duì)xyn文件進(jìn)行預(yù)處理,處理軟件為“EditPlus”(可以咨詢譚編)或者windows系統(tǒng)自帶的記事本軟件。

用記事本打開xyn文件后,Bragg位置數(shù)據(jù)列末尾有大量的占位零(00000000000),需要查找并替換為空,因?yàn)檫@些數(shù)據(jù)在Origin中會(huì)轉(zhuǎn)換為0,而這些占位數(shù)據(jù)是我們不需要的數(shù)據(jù),必須將其刪除,否則在繪圖時(shí)會(huì)有“尾巴”的。另外,將第一行、第二行開頭的感嘆號(hào)“!”刪除,不刪,導(dǎo)入數(shù)據(jù)會(huì)錯(cuò)位的。保存文件并關(guān)閉記事本。

 

第二步:拖入xyn文件到Origin中

如上面的動(dòng)圖所示步驟,將預(yù)處理后的xyn文件拖入到Origin軟件中,會(huì)彈出一個(gè)對(duì)話框,讓你選擇數(shù)據(jù)標(biāo)題的行號(hào)、數(shù)據(jù)開始的行號(hào),窗口下方有預(yù)覽的數(shù)據(jù),可以對(duì)照找到相應(yīng)的行號(hào),填入頂部的這兩個(gè)行號(hào)即可。然后按下一步、下一步、完成,即可完成數(shù)據(jù)的導(dǎo)入。

 

3
在Origin中再次處理數(shù)據(jù)表
 

通過前述步驟得到的數(shù)據(jù)表,首先選擇幾個(gè)x列數(shù)據(jù),右鍵set as X將其設(shè)置為x。

我們對(duì)它作圖,得到下面的效果,圓圈標(biāo)記的地方是數(shù)據(jù)表中多余的數(shù)據(jù),為什么會(huì)這樣呢?

我們?yōu)g覽數(shù)據(jù)表發(fā)現(xiàn)F和H列預(yù)覽圖中出現(xiàn)“凹”型曲線,這也是因?yàn)榫捃浖a(chǎn)生的占位數(shù)據(jù)引起的。在Origin中對(duì)數(shù)據(jù)表中所有相同數(shù)據(jù)的占位數(shù)據(jù),選中后刪除掉。

我們?cè)俅芜x中數(shù)據(jù)作圖,得到如下的效果

看到上圖的效果,我們離成功越來越近了!我們只需要將中間紫紅色那條線改為豎線就行了。

 

4
在Origin中再次處理數(shù)據(jù)表
 

通過對(duì)上圖中解除Group群組,單獨(dú)對(duì)Blagg豎線進(jìn)行設(shè)置,怎么設(shè)置,其他曲線也跟著改變。

這是為什么呢?這是所有曲線在同一個(gè)層中引起的,我們?nèi)绻枰獙?duì)Bragg設(shè)置與其他曲線不同線型的曲線,需要為Bragg豎線單獨(dú)設(shè)置一個(gè)層。

第一步:利用通用模板繪制前三條曲線

選中前三條曲線的6列數(shù)據(jù),點(diǎn)擊模板,找到通用模板(若需要通用模板,文末有獲取方式),繪制出圖:

第二步:為Bragg新建一個(gè)圖層

在圖層 1右邊右鍵選擇新建層new Layer選擇right-(linked x),關(guān)聯(lián)X軸的。然后選中圖層 2 ,選擇bragg的XY兩列數(shù)據(jù),將其拖入圖層2中,即可繪圖,此時(shí)Bragg是一條直線,采用放大鏡,調(diào)整Bragg直線在XRD和偏差之間的合適位置。

第三步:調(diào)整Bragg的垂線

雙擊Bragg直線,打開屬性對(duì)話框,點(diǎn)擊左下方的“Line”改為"Scatter"散點(diǎn),然后將Symbol符號(hào)的size改為0,將Drop line設(shè)置為垂直線,確定即可。此時(shí),圖中出現(xiàn)了柵線。但位置跟偏差曲線重疊,我們需要將圖層2,縱向壓縮一下,同時(shí)將其整體垂直向上移動(dòng)一定距離,離開下方的偏差曲線。這里注意不要橫向壓縮和橫向移動(dòng),因?yàn)樗臋M軸要跟圖層1的橫軸要一致。

有時(shí)候,圖層2,不好調(diào)整,因?yàn)樗粓D層1擋住了,我們需要將圖層1隱藏起來,設(shè)置好圖層2后再將圖層2顯示出來。

得到效果如下:

但是,Yobs和Ycalc是重疊的,我們需要將其中一條設(shè)置細(xì)線,另外一條設(shè)置為粗線(或帶符號(hào)),經(jīng)過調(diào)整后,最終的效果如下:

 

 
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