導(dǎo)讀

COVID-19 大流行已經(jīng)持續(xù)了近 3 年，目前仍然是一個全球關(guān)注的熱點(diǎn)話題。鑒于新冠病毒的廣泛傳播和不斷演變，全球出現(xiàn)了眾多變種，比如 alpha (B.1.1.7)、beta (B.1.351)、gamma (P.1)、delta (B.1.617.2)、omicron (B.1.1.529) 等。其中，Omicron 最早在南非被發(fā)現(xiàn)，增加的高傳播力使其迅速成為全球范圍內(nèi)的優(yōu)勢毒株。

2022 年 12 月之前，中國采取了與其他國家不同的應(yīng)對策略，從 2020 年的武漢封城到動態(tài)清零政策，精準(zhǔn)防控，阻止了新冠病毒的傳播。隨著 Omicron 亞變體致病性的減弱、疫苗接種的普及和防控經(jīng)驗(yàn)的積累，2022 年 11 月中旬，中國調(diào)整和優(yōu)化了預(yù)防和控制策略。

中國在調(diào)整防控政策后，疫情在中國的快速傳播引起了世界的關(guān)注，并引發(fā)了人們對此次疫情是否會驅(qū)動新 SARS-CoV-2 變體出現(xiàn)的擔(dān)憂。因此，對流行的 SARS-CoV-2 變體進(jìn)行全面的時空研究，對于全球應(yīng)對當(dāng)前的 COVID-19 大流行至關(guān)重要。北京擁有常住人口 2100 萬，在政策調(diào)整后初期成為中國病例數(shù)最多的城市之一。因此，北京 SARS-CoV-2 變種的流行可以被視為中國的一個縮影。

2023 年 2 月 8 日，北京疾控中心副主任 王全意 團(tuán)隊聯(lián)合 高福 院士團(tuán)隊在國際權(quán)威醫(yī)學(xué)期刊 Lancet 發(fā)表了題為 Characterisation of SARS-CoV-2 variants in Beijing during 2022: an epidemiological and phylogenetic analysis 的文章，全面描述了 2022 年收集的高質(zhì)量 SARS-CoV-2 全基因組序列的流行病學(xué)和系統(tǒng)發(fā)育特征，并特別報道分析了政策調(diào)整后 SARS-CoV-2 的基因組特征，為北京市疫情提供了重要信息。

其中，從 2022 年 11 月 14 日到 12 月 20 日獲得的 413 個 COVID-19 感染樣本的基因組測序分析結(jié)果表明，所有病例均由現(xiàn)有毒株引起，北京地區(qū) 90% 以上的本地感染病例涉及 Omicron 變異株 BA.5.2 和 BF.7，沒有持續(xù)的顯性變異或新的譜系產(chǎn)生 。

圖片來源： Lancet

主要研究內(nèi)容

2022 年 1 月 1 日至 11 月 30 日，北京市共監(jiān)測到 39007 例本地病例，5 歲以下和 60 歲以上的個體占 663 人  (1.70%)。由于戰(zhàn)略調(diào)整，自 11 月 14 日起，感染人數(shù)明顯增加，因此，當(dāng)?shù)?11 月 30 日至 12 月 28 日的準(zhǔn)確感染人數(shù)是未知的，只能通過統(tǒng)計推斷得到。

北京市 2022 年檢測到的本地和輸入性病例中，實(shí)驗(yàn)室確診病例共計 3745 例，本研究從中隨機(jī)選取病例進(jìn)行基因組測序，共獲得 2994 個完整的 SARS-CoV-2 基因組，其中 2881 個是高質(zhì)量基因組，可用于進(jìn)一步分析。這些序列的采樣時間跨度為全年，采樣地點(diǎn)覆蓋了北京市全部 17 個區(qū)。

圖片來源： Lancet

詳細(xì)的分析表明，這些毒株來自 10 個演化支和 123 個 Pango lineage。與本地病例相比，輸入性病例的分支范圍更廣。不過，在所分析的數(shù)據(jù)集中沒有發(fā)現(xiàn)新的 Pango lineage。此外，他們還發(fā)現(xiàn)了少量先前報道的重組 SARS-CoV-2 亞變體 XBB (n = 1)，XBB.1 (n = 9) 和 XBB.2 (n = 1)。從全年的角度來看， 來自支系 21L (BA.2.2.1) 和 22B/Omicron (BF.7 和 BA.5.2) 在 2022 年期間主導(dǎo)了北京的流行感染。但 2022 年 11 月中旬之后，22B 在北京成為絕對主導(dǎo)流行毒株 。

圖片來源： Lancet

自 2022 年 11 月 14 日起，北京市新增確診病例大幅增加，共檢測確診病例 413 例，其中本地病例 350 例，境外輸入病例 63 例。在這些本地病例中， BF.7 占 265 株  (75.71%)，成為 11 月 14 日以后的優(yōu)勢菌株，BA.5.2（16.29%）和 BA.5.1（7.71%）分列第二和第三 。

他們進(jìn)一步將本地感染分為門診患者和住院患者，發(fā)現(xiàn)兩組中優(yōu)勢菌株均為 BF.7，這與局部感染總體一致，門診患者與住院患者的病毒株比例差異無統(tǒng)計學(xué)意義。

因此，在中國取消最嚴(yán)格的疫情控制政策期間， 對北京 413 例新感染 COVID-19 病例的基因組分析表明，所有病例都是由現(xiàn)有菌株引起的，并未出現(xiàn)新的變異株 。

圖片來源： Lancet

進(jìn)一步的系統(tǒng)動力學(xué)分析表明，BA.5.2 和 BF.7 的有效群體大小在 2022 年 11 月 14 日之后經(jīng)歷了擴(kuò)張，這表明這兩個毒株的遺傳多樣性有所增加。不過， BA.5.2 和 BF.7 的擴(kuò)張模式不同，BA.5.2 有效種群規(guī)模在 11 月 14 日至 25 日期間變化不大，但在 11 月 25 日前后急劇增加；而 BF.7 的增加卻是漸進(jìn)式的 。北京市 BA.5.2 有效種群規(guī)模的突然擴(kuò)大與 11 月 30 日前后 BA.5.2 感染數(shù)量的增加是一致的。此外， 在最近的疫情中，他們沒有發(fā)現(xiàn)任何新的 SARS-CoV-2 變種在北京傳播 。

圖片來源： Lancet

結(jié)語

綜上所述，在本研究中，他們報告了 2022 年北京地區(qū) COVID-19 病例和 SARS-CoV-2 變體的傳播趨勢。流行病學(xué)調(diào)查和系統(tǒng)發(fā)育分析表明，本地和輸入性感染在譜系分布上存在顯著差異。 2023 年 11 月 14 日至 12 月 20 日，BF.7 和 BA.5.2 在北京本地感染中占主導(dǎo)地位，沒有發(fā)現(xiàn)新的 SARS-CoV-2 變種在北京傳播 。在同一時期，在國際上占主導(dǎo)地位的新冠病毒變體，包括 XBB 和 BQ.1，均未在北京市本地感染病例中檢出?？偟膩碚f，該研究可以被認(rèn)為是中國的一個縮影，因?yàn)橹袊娜丝诮涣黝l繁，而且流行的菌株具有很高的傳播性。

該研究共同通訊作者、中國科學(xué)院微生物研究所 高福 院士說到：「考慮到變異對大流行過程的影響，檢測在中國最近改變 COVID-19 防控政策后是否出現(xiàn)了新的變異很重要。我們的分析表明，兩個已知的 Omicron 變異株亞分支，而不是任何新的變異株，是北京病例數(shù)激增的主要原因，這種現(xiàn)象也很可能反映了整個中國的狀態(tài)。然而，隨著 COVID-19 在中國的大規(guī)模傳播，繼續(xù)密切監(jiān)測是非常重要的，以便盡早發(fā)現(xiàn)任何可能出現(xiàn)的新變體?！?

在同期的評論性文章中，泰倫博斯大學(xué)醫(yī)學(xué)與健康科學(xué)學(xué)院 Wolfgang Preiser 教授和 Tongai Maponga 博士寫道：「很高興看到來自中國的這些急需的數(shù)據(jù)。令人欣慰的是，這項研究沒有發(fā)現(xiàn)新變異的證據(jù)，但這并不令人驚訝，前期有效的疫情控制措施的突然停止充分解釋了這種激增?！?/span>

圖片來源： Lancet

然而，他們?nèi)匀恢赋?，在根?jù)北京的數(shù)據(jù)對中國整體得出結(jié)論時要謹(jǐn)慎，他們提到：「在一個幅員遼闊、人口稠密的國家的一個地區(qū)發(fā)生的 SARS-CoV-2 分子流行病學(xué)并不能外推到整個國家。在中國的其他地區(qū)，其他的進(jìn)化動態(tài)可能會展開，可能包括被人類感染的動物物種，最終很有可能進(jìn)一步造成病毒的進(jìn)化和『回溢』。因此，嚴(yán)密的檢測仍然是必須持續(xù)進(jìn)行的?！?

參考文獻(xiàn)：

1. Yang Pan et al., A novel coronavirus outbreak of global health concern. Lancet 2023.

2. Wang C, Horby PW, Hayden FG, Gao GF. A novel coronavirus outbreak of global health concern. Lancet 2020; 395: 470–73.

3. Chinese Center for Disease Control and Prevention. National novel coronavirus infection epidemic situation. Jan 25, 2023. https:// www.chinacdc.cn/jkzt/crb/zl/szkb_11803/jszl_13141/202301/ t20230125_263519.html (accessed Jan 31, 2023).

題圖來源：自制