工欲善其事必先利其器，利用計(jì)算機(jī)模型來研究各種問題，必然需要掌握多種建模和分析軟件。這期收集了一系列分子生物學(xué)和生物信息學(xué)軟件用于分子三維顯示和處理?？傆幸豢钸m合你，建議收藏~

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RasMol

觀看生物分子3D微觀立體結(jié)構(gòu)的軟件,可以旋轉(zhuǎn),以多個(gè)模式觀看，并可以存成普通圖形文件。非常有名！ 

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Discovery studio visualizer

 BIOVIA DiscoveryStudio 觀察儀是一個(gè)免費(fèi)、功能豐富的用于觀看、共享和分析蛋白質(zhì)和小分子數(shù)據(jù)的分子建模應(yīng)用程序。專家和他們的同事可以無縫、高效地交流成果，不損失時(shí)間和科學(xué)信息。 

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ICM-Browser

分子可視化，可以與Powerpoint和web完全交互，發(fā)布高質(zhì)量圖像，顯示配體結(jié)合口袋表面，氫鍵顯示，測(cè)量距離和角度。

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VMD

VMD是為蛋白質(zhì)、核酸、脂質(zhì)雙層組裝體等生物系統(tǒng)的可視化和分析而設(shè)計(jì)的。它可以用來查看更一般的分子，因?yàn)閂MD可以讀取標(biāo)準(zhǔn)的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫文件并顯示包含的結(jié)構(gòu)。VMD提供了多種繪制和著色一個(gè)分子的方法：簡單的點(diǎn)和線、CPK球和圓柱體和絲帶、漫畫圖等。VMD可以分析分子動(dòng)力學(xué)( MD )模擬的軌跡。特別地，VMD可以通過在遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)上顯示正在進(jìn)行模擬的分子，充當(dāng)外部MD程序的圖形前端。 

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POV-Ray

POV-Ray 是一個(gè)高質(zhì)量、完全免費(fèi)創(chuàng)造高質(zhì)量三維圖像的非常有名的工具。見過Science封面上漂亮極的分子圖像嗎？便是用它與以下軟件結(jié)合制作出來的。運(yùn)算POV格式文件，生成三維圖形，非常棒。

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Mol2Mol

  前版本的Mol2Mol ?識(shí)別、讀寫了大約50種不同的文件格式和子格式。 它包含一個(gè)簡單的圖形 顯示模塊來檢查當(dāng)前加載的分子。 它具有一些化學(xué)智能，可以識(shí)別詳細(xì)的原子類型、雜化和化學(xué)環(huán)境，這對(duì)于將更簡單的格式( 如X射線晶體學(xué)文件 )轉(zhuǎn)換為更高級(jí)的格式是必要的，或者當(dāng)氫原子被自動(dòng)添 加到重原子上。 問題文件可以通過直接調(diào)用您最喜歡的文本編輯器在Mol2mol或ASCII文件中更正。

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PLATON

PLATON是通用結(jié)晶學(xué)軟件工具，可以用來進(jìn)行各種幾何學(xué)計(jì)算、分子內(nèi)氫鍵分析、作圖等等。 支持PDb格式，但許多功能不能用來分析蛋白。 若安裝過RASMOL與POV-RAY,設(shè)置后，可直接調(diào)用這兩個(gè)程序。

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Swiss-PDB viewer

Swiss-PDB viewer是一個(gè)界面非常友好的應(yīng)用程序，使用起來比RASMOL方便，用來同時(shí)分析幾個(gè)蛋白PDB文件?？梢詫讉€(gè)蛋白疊加起來用來分析結(jié)構(gòu)類似性，比較活性位點(diǎn)或其它有關(guān)位點(diǎn)。通過菜單操作與直觀的圖形，可以很容易獲得氫鍵、角度、原子距離、氨基酸突變等數(shù)據(jù)。

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Tinker

Tinker分子建模軟件是一個(gè)完整的、通用的分子力學(xué)和動(dòng)力學(xué)軟件包，具有一些特殊的生物高分子特性。Tinker可以使用Amber (ff94、ff96、ff98、ff99、ff99SB)、CHARMM、阿林格爾分子力場 (MM2-1991和MM3-2000)、OPLS (OPLS-UA ,OPLS-AA)、Merck分子力場( MMFF )、Liam Dang可極化模型、AMOEBA (2004、2009、 2013、2017、2018 )可極化原子多極力場、加入電荷穿透效應(yīng)的AMOEBA+和新HIPPO (類氫原子間極化勢(shì))力場等幾種常用參數(shù)集。其他力場模型的參數(shù)集正在考慮將來的釋放。

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Biodesigner

Biodesigner是一個(gè)分子建模和可視化程序。該程序可免費(fèi)下載。生物設(shè)計(jì)師能夠建立蛋白質(zhì)的同源模型，評(píng)估和完善模型。

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MoluCAD

MoluCAD是為Windows設(shè)計(jì)的一個(gè)功能齊全的分子建模和可視化工具。這是NIH研究院為期三年的生物醫(yī)學(xué)技術(shù)研究項(xiàng)目的成果，旨在為化學(xué)專業(yè)學(xué)生制作低成本的教育軟件。最新版本包含了許多僅在基于工作站的昂貴建模包中發(fā)現(xiàn)的高級(jí)特性。易用性、高質(zhì)量的圖形質(zhì)量和計(jì)算健壯性是MoluCAD的特點(diǎn)。新手用戶可以快速生成模型，從任何角度查看模型，創(chuàng)建反應(yīng)動(dòng)畫，并將所有數(shù)據(jù)保存到磁盤中。

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UCSF Chimera

UCSF Chimer是用于分子結(jié)構(gòu)和相關(guān)數(shù)據(jù)的交互可視化和分析的程序，包括密度圖、軌跡圖和序列比對(duì)圖?？擅赓M(fèi)用于非商業(yè)用途。這款軟件集成了非常多的分子圖形處理工具，在圖像顯示上堪比PyMOL，但是在功能的豐富度上遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過PyMOL，其也可以想PyMOL安裝三方插件，進(jìn)行各種功能的擴(kuò)展。

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Jmol

java語言寫成的 開放源代碼的免費(fèi)三維分子顯示程序，支持多種分子格式并支持 多種 圖像格式。

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YASARA

YASARA是免費(fèi)的包含了所有需要交互探索分子結(jié)構(gòu)功能的顯示軟件，可以同時(shí)加載多個(gè)結(jié)構(gòu)，創(chuàng)建包含標(biāo)簽的出版物質(zhì)量射線追蹤圖像，并編寫自己的宏和Python插件。其中包括YASARA Movie，一個(gè)用于多媒體演示和教程的播放器。免費(fèi)分子顯示軟件，還有其他一系列需要許可費(fèi)的可進(jìn)行分子模擬或者更多功能的的軟件。

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NOC

免費(fèi)的蛋白3維結(jié)構(gòu)構(gòu)建、顯示、分析軟件。

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3DNA

分析、構(gòu)建、顯示核酸三維結(jié)構(gòu)的軟件。PyMOL插件。

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ArgusLab

ArgusLab是一個(gè)針對(duì)Windows操作系統(tǒng)的分子建模、圖形和藥物設(shè)計(jì)程序。它現(xiàn)在有點(diǎn)過時(shí)了，但仍然令人驚訝地流行。迄今為止，已有> 2萬條下載。

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Avogadro

阿伏伽德羅是一個(gè)分子編輯軟件，是一款自由軟件，被設(shè)計(jì)用于計(jì)算化學(xué)，分子建模，生物化學(xué)，材料科學(xué)， 以及相關(guān)領(lǐng)域的跨平臺(tái)軟件。并且提供添加插件，附加組件或插件的功能。其名稱是以意大利化學(xué)家阿伏伽德羅命名的。

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Bioclipse

Bioclipse是一個(gè)綜合性生物信息學(xué)分子顯示平臺(tái)。繼承了Eclipse的一個(gè)最新插件體系結(jié)構(gòu)、功能以及可視化界面，如幫助系統(tǒng)、軟件更新、偏好、跨平臺(tái)部署等。

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LigandScout

LigandScout軟件套件，是 用三維模型高分子 / 配合物構(gòu)建藥效團(tuán)模型結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)工具軟件 ， 包含了全世界化學(xué)家和模型師可使用的最用戶友好的分子設(shè)計(jì)工具。該平臺(tái)無縫集成了設(shè)計(jì)、篩選、搜索和優(yōu)先排序分子用于合成和生物評(píng)估的計(jì)算技術(shù)。商業(yè)軟件，可申請(qǐng)?jiān)囉谩?/span>

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PyRx

PyRx是一個(gè)用于計(jì)算藥物發(fā)現(xiàn)的虛擬篩選軟件，可以用來篩選針對(duì)潛在藥物靶點(diǎn)的化合物庫。PyRx使藥物化學(xué)家可以從任何平臺(tái)運(yùn)行虛擬篩選，并幫助用戶在這個(gè)過程的每一步——從數(shù)據(jù)準(zhǔn)備到作業(yè)提交和結(jié)果分析。雖然在藥物發(fā)現(xiàn)過程中沒有魔法按鈕，但PyRx包含了一個(gè)易于使用的用戶界面的對(duì)接向?qū)?，使其成為?jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的一個(gè)有價(jià)值的工具。PyRx還包括類似化學(xué)電子表格的功能和強(qiáng)大的可視化引擎，對(duì)于基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)至關(guān)重要。

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COSMOS

三維分子分析、建模、顯示軟件。同時(shí)提供免費(fèi)的三維顯示軟件COSMOS Viewer。

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OpenMM

OpenMM是一款強(qiáng)大的分子建模程序庫，可擴(kuò)展性強(qiáng)，功能十分豐富，主要用于動(dòng)力學(xué)模擬。

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OpenStructure

OpenStructure是一個(gè)開源的計(jì)算結(jié)構(gòu)生物學(xué)框架。本項(xiàng)目旨在提供一個(gè)開源、模塊化、柔性、分子建模和可視化的環(huán)境。它面向結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)領(lǐng)域感興趣的方法開發(fā)者。

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CMView

CMView是一個(gè)交互式的接觸圖可視化和分析工具。該工具從結(jié)構(gòu)、基本編輯、接觸圖中的可視化以及3D空間和不同內(nèi)置對(duì)齊方法的結(jié)構(gòu)比較等方面為接觸圖計(jì)算提供了參考。